Cụ thể, cơ cấu tổ chức của cơ quan thuộc Chính phủ gồm: Ban; Văn phòng; Tổ chức sự nghiệp trực thuộc (nếu có).

Ban hoạt động theo chế độ thủ trưởng, không có con dấu riêng. Chỉ thành lập Ban khi khối lượng công việc cần phải bố trí từ 15 người làm việc là công chức, viên chức trở lên. Văn phòng có con dấu riêng.

Ban và Văn phòng được thành lập phòng hoặc tổ chức tương đương. Số lượng phòng thuộc Ban, Văn phòng được quy định cụ thể tại Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của từng cơ quan thuộc Chính phủ.

Trong trường hợp đặc biệt, nếu tổ chức trực thuộc có tên gọi khác, Chính phủ sẽ xem xét, quyết định cho phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của từng cơ quan thuộc Chính phủ.

- Ban và Văn phòng có từ 15 đến 20 người làm việc là công chức, viên chức được bố trí không quá 2 cấp phó; có trên 20 người làm việc là công chức, viên chức được bố trí không quá 3 cấp phó.

- Đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và đơn vị sự nghiệp do ngân sách nhà nước bảo đảm chi thường xuyên có từ 20 người làm việc là công chức, viên chức trở xuống được bố trí không quá 2 cấp phó; có trên 20 người làm việc là công chức, viên chức được bố trí không quá 3 cấp phó.

- Đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên, đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư, số lượng cấp phó thực hiện theo Đề án tự chủ của đơn vị đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Nghị định quy định cụ thể tiêu chí thành lập phòng thuộc Ban, Văn phòng gồm: Công việc hoặc lĩnh vực do phòng thực hiện phải có nhiều mảng công tác và có quy trình quản lý riêng theo yêu cầu của đối tượng quản lý; khối lượng công việc yêu cầu phải bố trí từ 7 người làm việc là viên chức trở lên.

Đối với các cơ quan thuộc Chính phủ tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư, hoạt động theo cơ chế doanh nghiệp thì số lượng người làm việc tối thiểu của phòng bao gồm viên chức và người làm chuyên môn, nghiệp vụ theo chế độ hợp đồng lao động theo cơ chế tự chủ.

Về số lượng cấp phó của phòng thuộc Ban, Văn phòng, phòng có từ 7-9 người làm việc là viên chức được bố trí 1 Phó Trưởng phòng, có từ 10 người làm việc là viên chức trở lên được bố trí không quá 2 Phó Trưởng phòng.

Nghị định 47/2019/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ ngày 20/7/2019. Trường hợp sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy mà làm tăng số lượng cấp phó của cơ quan, tổ chức, đơn vị so với quy định tại Nghị định này thì trong thời hạn đến hết năm 2020, cơ quan thuộc Chính phủ phải hoàn thành việc sắp xếp, bố trí để giảm số lượng cấp phó, bảo đảm phù hợp với quy định tại Nghị định này.